première partie :
Au village caché de Konoha, les enfants sont entraînés, dès leur plus jeune âge, afin de devenir des ninjas. Le Hokage, protecteur et chef du village, est reconnu comme étant le ninja le plus puissant.
Il y a de cela douze ans, Kyûbi, un démon ayant la forme d'un renard à neuf queues, entreprit la destruction du village de Konoha, mais le quatrième Hokage neutralisa ce démon en le scellant dans le corps d'un nouveau-né : Naruto Uzumaki. Le quatrième Hokage se sacrifia ainsi pour sauver le village de Konoha.
L'histoire commence pendant l'adolescence de Naruto, vers ses douze ans. Orphelin, éternel cancre et grand farceur, il fait toutes les bêtises possibles pour se faire remarquer. Son rêve : devenir Hokage afin d'être reconnu par les habitants de son village. En effet, le démon scellé en lui a attisé la crainte et le mépris des autres villageois, qui, avec le temps, ne font plus de différence entre le Kyûbi et Naruto. Malgré cela, Naruto s'entraîne dur afin de devenir genin, le premier niveau chez les ninjas. Après plusieurs essais, il arrive finalement à recevoir son bandeau frontal de Konoha et la promotion qui va avec. Il est alors inclu dans une équipe de trois apprentis ninjas, avec Sakura Haruno et le talentueux Sasuke Uchiwa. Peu après, ils rencontrent leur jōnin, celui qui s'occupera de leur formation : le mystérieux Kakashi Hatake.
Suite à quelques missions, Kakashi considère les membres de son équipe prêts à devenir chūnin. Ce niveau, entre celui de genin et celui de jōnin, leur permettra d'accomplir des missions de plus grande importance. Cependant, un criminel exilé du village nommé Orochimaru interrompt l'examen pour détruire Konoha. Son arme principale pour cette opération est un jeune homme, Gaara, qui possède comme Naruto un démon. Naruto, aidé par ses amis, réussira à le vaincre, et le village sera sauvé grâce au sacrifice du troisième Hokage.
L'organisation criminelle Akatsuki profitera du chaos résultant de l'attaque d'Orochimaru pour s'infiltrer dans le village, et deux de ses membres, Itachi Uchiwa et Kisame Hoshigaki, tenteront de kidnapper Naruto. Sasuke, le frère d'Itachi, essaie sans succès de l'en empêcher. Naruto sera sauvé par Jiraya, et devra en échange l'aider à retrouver la seule personne pouvant combler efficacement le poste d'Hokage : Tsunade. Elle est médecin, et la troisième membre de l'équipe des trois ninjas légendaires de Konoha autrefois formée par elle, Jiraya et Orochimaru. Ce dernier, la recherchant également pour se faire guérir suite à son attaque du village caché de Konoha, affrontera une nouvelle fois ses anciens camarades et Naruto.
En revenant au village, Naruto est confronté par Sasuke, qui se pense encore une fois inférieur, et qui quitte alors Konoha pour rejoindre Orochimaru pour acquérir la force nécessaire à vaincre Itachi et ainsi venger la destruction de son clan. Naruto tente de l'en empêcher, mais suite à son échec, il partira aussi s'entraîner avec Jiraya.
Seconde partieLa seconde partie commence deux ans et demi après ; Naruto, Sakura et Sasuke ont chacun terminé leur apprentissage avec un des trois Sannin, tandis que l'Akatsuki commence à capturer les démons et leurs hôtes (tels que Naruto). L'histoire qui suit, narrée par les nouveaux épisodes de Naruto Shippūden (la version animée) se concentre sur leurs affrontements et la quête de Sasuke pour tuer son frère et le combat de l'Akatsuki contre les forces de Konoha.
L'histoire commence avec l'enlèvement de Gaara, devenu kazekage, que l'équipe Gai et l'équipe Kakashi envoyées à la rescousse par Konoha, réussiront à tirer des griffes d'Akatsuki et à ramener à la vie, avec l'aide d'une aïeule de Suna.
Ayant glané un renseignement sur Orochimaru lors de cette mission, l'équipe Kakashi, complétée par Sai, un mystérieux membre imposé par la racine, une puissante section occulte de l'ANBU dont la mission secrète est l'assassinat de Sasuke, et par un membre de l'ANBU aux ordres de Tsunade, Yamato, qui remplace Kakashi alité en tant que chef, part à la recherche d'Orochimaru pour tenter d'empêcher le transfert d'âme. Naruto, face à Orochimaru se transforme en démon renard à 4 queues, obtient ainsi une puissance incroyable et fait armes égales avec le Sannin ; Sai choisit ce moment pour trahir l'équipe et débuter sa mission réelle.
Les deux missions seront mises en échec par la puissance du « nouveau » Sasuke, mais Naruto, parvenu au repère d'Orochimaru avec le reste de l'équipe retournera le c½ur de Sai, celui-ci voulant de ce fait à tout prix comprendre la nature des liens d'amitié qui poussent Naruto à aller si loin pour Sasuke.
De retour à Konoha, Naruto déprimé d'être si faible par rapport à Sasuke, commence un nouvel entraînement supervisé par Kakashi et destiné à lui faire maîtriser son affinité ninjutsu pour l'ajouter au Rasengan. Pendant ce temps, deux membres de l'Akatsuki, Hidan et Kakuzu, pénètrent au pays du Feu et massacrent tous les moines d'un temple, inquiétant grandement au village de Konoha. Envoyés sur les traces des ennemis, l'équipe d'Asuma (composée d'Asuma, Shikamaru et deux jōnins de Konoha) se retrouvera face à eux. Malheureusement, sans connaissance de la puissance des ennemis, Asuma se fera tuer et le reste de l'équipe, malgré le renfort de Chōji, Ino et 2 Jōnins supplémentaires, ne devra son salut que par le départ des deux ennemis appelés à une autre tâche urgente. Shikamaru, qui s'est senti impuissant face à la mort de son sensei combat alors ses démons ; après avoir élaboré une stratégie, il part avec le reste de l'équipe 10, venger son ancien maître. Kakashi les rejoint à la porte de Konoha pour les aider. Pendant que Shikamaru s'occupe de Hidan, l'assassin d'Asuma, le reste de l'équipe est en grandes difficultés face à l'autre ennemi. Apparaît alors Naruto (accompagné de Sakura, Sai et Yamato) qui a quasiment fini de mettre au point sa nouvelle technique qu'il utilisera sur Kakuzu, appelée Rasengan Shuriken (l'orbe shuriken). Vainqueurs, les ninjas des 2 équipes rentrent à Konoha, où, après analyse, Tsunade interdit la nouvelle technique à Naruto, trop dangereuse pour ses propres cellules.
Pendant ce temps, Sasuke, considérant qu'il n'a plus rien à apprendre d'un Orochimaru affaibli qui de plus ne va pas tarder à prendre son corps, se défait de lui sans trop de mal, grâce son sceau maudit et au Sharingan. Il conserve néanmoins le Sannin prisonnier dans son corps. Il part alors dans les différentes caches d'Orochimaru pour se constituer une équipe à partir des sujets de tests les plus puissants du Sannin et leur gardienne qui a des pouvoirs spéciaux de détection du chakra particulièrement intéressants. Avec cette nouvelle équipe, il part dans le but de trouver son frère et de le tuer. Sur la route, il tombe sur Deidara qu'il vaincra avec beaucoup de difficultés, devant sacrifier Manda pour échapper à l'explosion qui conclut le combat.
Au village de Konoha, Jiraya continue à glaner des informations sur l'Akatsuki, et devant l'urgence, décide d'aller enquêter au village d'Ame sur leur chef. Arrivé sur place, il est détecté par celui-ci qui s'avère être un de ses anciens élèves qu'il pensait mort, possesseur du dangereux Rinnegan qui lui permet de contrôler 6 corps. Après avoir battu 3 corps, Jiraya tombe, pris par surprise, non sans réussir à transmettre un message à Konoha avant de mourir à propos du secret de Pain. Durant le combat, il dévoile ses techniques Sennin, un style de combat très puissant appris auprès des ermites crapauds.
Arrivé là où Itachi lui a donné rendez-vous, le reste de son équipe devant rester en arrière avec le partenaire d'Itachi, le face-à-face tant attendu peut débuter. Mettant toutes leurs forces dans la bataille (illusions, puis techniques de feu, puis techniques spéciales), les deux frères se livrent une bataille épique jusqu'au moment où Orochimaru, profitant de la fatigue de Sasuke, tente de faire un retour sur le devant de la scène et sera vite remis en place par Itachi. Après avoir débarrassé Sasuke d'Orochimaru, Itachi éveille Sasuke au mangekyou sharingan et lui transmet la technique Amatseru. Itachi meurt de ses blessures et probablement d'une maladie qui le rongeait près d'un Sasuke quasi-inconscient. Lorsqu'il reprend conscience, Sasuke se voit révéler la vérité au sujet d'Itachi de la bouche de Madara Uchiwa. Itachi était un agent double, chargé par son clan d'espionner Konoha, alors qu'il transmettait à Konoha des informations sur le clan Uchiwa. Devant la menace que representaient un coup d'état fomenté par les Uchiwa, Itachi reçut l'ordre d'exterminer son clan. Sasuke, pris de colère à l'encontre des dirigeants de Konoha décide de détruire le village caché.
À Konoha, apprenant la mort de son ancien maître, Naruto plonge dans la tristesse. Il aide Shikamaru à décrypter le message laissé par son sensei, puis décide de partir avec les ermites crapauds apprendre le Senjutsu, techniques Sennin. Pendant ce temps, Sasuke, qui a reçu l'ordre d'Akatsuki de capturer le démon à 8 queues Hachibi, ayant reçu la promesse de récupérer la puissance des bijū pour sa vengeance sur Konoha, est parti avec son équipe pour Kumo le village de la foudre où se trouve son hôte. Ils sont cependant dépassés par la puissance de leur adversaire Kira Hachi. Faisant appel à la technique Amaterasu, Sasuke finit par le vaincre ; ils le ramènent donc à l'Akatsuki, mais il s'avère qu'ils ont été trompés par une technique de transformation et ramené une simple tentacule du monstre.
Pendant ce temps, les 6 corps de Pain partent à l'assaut de Konoha pour y chercher Naruto. Après y avoir causé d'énormes dégâts lors de la recherche d'informations sur Naruto, Pain, doté d'une puissance extraordinaire, finit par détruire Konoha par une technique violente provoquant un souffle d'explosion (référence à la bombe atomique ?). C'est à ce moment que Naruto revient. Après un combat remarquable où Naruto expose toutes ses capacité nouvellement acquises, celui-ci semble vaincu par le corps de Pain le plus puissant qu'il n'a pas réussi à détruire. Survient alors Hinata qui se fait gravement blesser en voulant s'interposer ; soumis à une violente émotion, Naruto libère la quasi-totalité du pouvoir du démon renard jusqu'à presque rompre le sceau du 4e Hokage. C'est alors que celui-ci apparaît dans l'esprit de Naruto et lui annonce qu'il est son père et qu'il apparait pour empêcher la libération de Kyuubi. une fois le sceau réparé, Naruto reprend le contrôle de lui même et le mode Sennin. Il achève magistralement le corps de Pain restant et s'en va vers la planque de Nagato qui contrôle Pain. Celui-ci, suite à une tentative ratée de l'entraver à nouveau, lui raconte comment il est devenu Pain... Après cette discussion, Naruto répond aux questions que Nagato lui pose et parvient à lui transmettre son optimisme et sa vision d'un monde ninja meilleur. Nagato, très affaibli, redonne vie à la population de Konoha qui a été tuée avant de mourir d'épuisement. Konan récupère son corps ainsi que celui de Yahiko et part en espérant que les espoirs de ses amis ont bien été transmis à Naruto ; elle précise également que amekagure sera du côté de Naruto.
Sasuke réapparaît et compte se rendre à Konoha pour assouvir sa vengeance ; un nouvel arc commence... Tsunade ayant utilisé trop de chakra pour soigner les habitants est tombée dans le coma. Kakashi est proposé comme Rokudaime Hokage par Shikaku, le père de Shikamaru. Beaucoup sont d'accord, mais Danzou argumente auprès du seigneur du feu, il dit à celui-ci que c'est à cause de la politique du Sandaime que tous ces évènements sont arrivés sur Konoha... Alors, le seigneur du feu élit Danzo comme Rokudaime. Sa première action fut de répondre à la lettre du raikage. Sa décision sera que Sasuke Uchiwa pourra être exécuté en tant que nunkenin (ninja déserteur).
Une réunion des cinq kages est organisée pour répondre à la menace de l'Akatsuki. Y participent le KazeKage (Gaara), le TsuchiKage, le HoKage (Danzo), la MizuKage et le Raikage. L'arrivée de Sasuke dans les environs de la réunion met tout le monde sur le pied de guerre et le Raikage, accompagné de ses deux jounins garde du corps fonce pour intercepter Sasuke.
Pendant ce temps, Madara Uchiwa, qui dispose de l'étonnante capacité de se dématérialiser, apparait aux cotés de Naruto pour lui parler de Sasuke.Personnages:
Naruto Uzumaki bien évidemment, mais aussi Sakura Haruno, Sasuke Uchiwa et leur sensei Kakashi Hatake, sont présents dans presque tous les premiers chapitres du manga et en sont les protagonistes. Par la suite, de nouveaux personnages font leur apparition, comme les Sannin, 3 ninjas légendaires qui deviendront les mentors des trois élèves dans la nouvelle génération et introduisant leur séparation. Naruto l'hyperactif suivra Jiraya, ninja pervers au grand c½ur, ancien maître du Quatrième Hokage ; Sakura, plus calme, suivra la formation de guérisseur de Tsunade ; Sasuke le surdoué deviendra le protégé d'Orochimaru, considéré comme un génie, il est néanmoins un criminel recherché pratiquant des expériences interdites et veut s'emparer du corps de Sasuke.
